Scully hastaneden çıkar ve işe geri döner. Hamileliğini gizlemektedir. Diğer ajanların X Files’ın bodrum katındaki ofisini araştırdıklarını görür. Müdür Yardımcısı Skinner, yeni terfi eden Müdür Kersh’in Mulder için bir arama emri çıkarttığını söyler. Kersh davaya ajan Doggett’ı atamıştır ve Scully ile Müdür Yardımcısı Skinner’ın araştırmada işbirliği yapmasını umar ve onları olayın uzaylılarla olan bağı konusunda tek kelime ederlerse işten çıkarılacakları konusunda uyarır. Md. Yrd. Skinner ve Scully buna uyarlar, ama gizlice Mulder’ın kayboluşuyla ilgili kendi araştırmalarını başlatırlar. Scully, özellikle telefonunun dinlendiğini fark ettiğinde ve bilgisayarı çalındığında Ajan Doggett’tan şüphelenir. Mulder’ın dairesinde araştırma yaparken Mulder’ın bilgisayarının da kayıp olduğunu fark eder. Daha da tuhafı, apartman yöneticisi Mulder’ı gördüğünü iddia etmektedir. Bu arada Md. Yrd. Skinner, Mulder’ın kaçırılmasının ardından UFO’nun hareketlerini izlemek için Yalnız Silahşörler’in yardımına başvurur. Mulder bu defa FBI’da yeniden ortaya çıktığında Doggett Scully’ye, Mulder’ın bir önceki yıl beyninde oluşan alışılmadık aktivite sorunu yüzünden ölmekte olduğuna ve X Files’ı bir başarısızlık olarak gösterilmekten kurtarmak istediğine inandığını söyler. Bu yüzden kaçırılmasını tezgahlamıştır ve bütün kanıtları yok etmektedir. Md. Yrd. Skinner, Mulder’ın kaçırılmasına tanık olduğu için bunu kabul etmez. Yalnız Silahşörler muhtemelen başka bir kurbanı kaçırmak için hazırlanan UFO’nun Arizona Çölü’nde olduğunu keşfederler. Scully bunun kim olduğunu bildiğini sanmaktadır.

FBI’ın görev timi Mulder’ın kaçırılmasını araştırmaya devam etmektedir. Scully’nin bundan sonra kaçırılacak olan kişinin Gibson Praise olduğuna dair inancının peşinden giderler. Duyma engelliler okuluna kadar takip edilir. Ancak Ajan Doggett Arizona’ya gittiğinde Gibson’un Ajan Mulder’ın yanında olduğunu görür. Doggett silahını çıkarır ve Mulder’a Gibson’u bırakmasını, aksi halde ateş edeceğini söyler. Mulder kaçmak isterken bir tepeden aşağıya atlar. Scully geldiğinde Doggett, Mulder’ın nasıl kaçtığını açıklayamaz. Scully Doggett’a, gördüğü kişinin Mulder’ın biçimini almış olan uzaylı kafa avcısı olduğunu söyler. Diğer çocukların da boşaltılmasına yardım etmek için okula döndüklerinde Scully Thea isimli bir kızı fark eder. Scully kızın peşinden Gibson’un saklandığı mağaraya gider. Gibson Scully’ye uzaylı kafa avcısının kendisi için geldiğini, Mulder’ı ve diğerlerini çoktan aldıklarını bildiğini, sistematik olarak dünya dışı yaşamla ilgili kanıtları yok ettiklerini söyler. Md. Yrd. Skinner Gibson’u hastaneye götürürken Scully de Arizona çölündeki UFO araştırmasına devam eder. Ancak uzaylı kafa avcısı Md. Yrd. Skinner’ı etkisiz hale getirir ve Gibson’u kaçırır. Gibson Scully’ye yanındaki Md. Yrd. Skinner’ın aslında uzaylı kafa avcısı olduğu konusunda bir ipucu verir ve Scully onu boynundan vurur. Daha sonra Doggett, Md. Yrd. Skinner’ın ve Gibson’un iyileştiğini ve Başkan Yardımcısı Kersh’ün kendisini X Files’a atadığını haber vermek için Scully’yi ziyaret eder.

Baltimore Federal Savcısı Martin Wells gözlerini bir hapishanede açtığında çok şaşırır. Bir başka hücredeki radyoda günün Cuma olduğu söylenir. Bir gardiyan Wells’e başka bir hapishaneye transfer edileceğini söyler. Koridorda eski bir dostu olan Ajan Doggett’ı görür. Hapishanenin dışında basın toplanmıştır. Wells tam dışarı çıkartılırken kayınpederi ileri doğru bir adım atar ve kendisine ateş eder… Wells hapishane hücresinde yeniden uyanır. Ajan Doggett ve Scully içeri girerler. Neden hapiste olduğu konusunda hala şaşkındır. Doggett kendisine eşini öldürmekle suçlandığını söyler. Wells bu haber karşısında şok olur. Daha sonra cezalandırılmak üzere mahkemeye götürüldüğünde mübaşir günlerden Perşembe olduğunu söyler. Vurulmasından bir gün öncedir. Hakim Wells’in kefaletle serbest bırakılmasını reddeder ve ertesi gün bir başka hapishaneye transfer edilmesine karar verir. Scully ve Doggett, Wells’in hücresine gelirler. Wells onlara geleceği gördüğünü söyler, ancak eşini öldürdüğünü inkar eder. Wells bir kere daha hücresinde uyanır. Bir avukat gelip kendisini tanıtır ve davaya baktığını söyler. Ancak onu zaten mahkemeden tanıyordur. Kadın, mahkemenin ertesi gün olacağını, bugünün ise Çarşamba olduğunu söyler. Wells zamanı tersten yaşadığını fark eder. Günler geriye doğru gitmektedir. Bu konuda Doggett ve Scully’ye güvenir. Doggett şüphecidir, ancak Scully daha çok bunun oluş nedenleriyle ilgilenir. Wells bunun bir şeyleri düzeltmesi için kendisine verilmiş bir fırsat olduğunu düşünür. Olanları düzeltmek için ikinci bir şans…

Scully Mulder’ın X Files ofisinde masasının üstünde duran isimliğine bakmaktadır. Dışarıdan sesler gelir. Doggett yanında iki ajanla birlikte içeriye girer. Scully’nin ters bakışını görünce onları gönderir. Doggett ofisteki masalar hakkında bir yorum yapar, ancak Scully bunun Mulder’ın ofisi olduğunu ve onu sadece kısa süreliğine kullandıklarını söyler. Scully Doggett’a Burley, Idaho’da işlenen iki cinayetin slaytlarını gösterir. Bir karı-koca öldürülmüştür ve cesetlerinin üzerinde insan dişine ait izler vardır. Olayı araştırmak için olay yerine giderler ve kendilerini çiftin ölümünün hayvan saldırısı sonucu olduğunu düşünen ve Scully’nin çifte saldıranın bir insan olduğuyla ilgili teorisini dikkate almayan Dedektif Abbott karşılar. Ancak Doggett bile izleri bulduktan sonra işin içinde bir insan olduğuna inanır. Scully kurbanların cesetlerinin bir bölümünün yenildikten sonra tekrar kusulduğu hakkında kanıt ve bir şeylerin verandada asılı durduğunu işaret eden tırnak izleri bulduğunda Doggett’ın bunun biçimsiz bir ayağa sahip akıl hastası bir katil olduğu fikrini fazla önemsemez. Scully morgdayken kurbanların cesetleri üzerinde bulunan tırnak izlerinin verandada bulunanlarla aynı olduğunu fark eder. Laboratuar raporu çiftin üzerinde bulunan salyanın sadece yarasalarda bulunan bir tür enzim içerdiğini açığa çıkardığında Scully, bir yarasa-insanın peşinde oldukları sonucuna varır. Doggett daha sonra birkaç insanın ölümünün ardından avcılar tarafından vurulan bir yarasa-insanla ilgili 1956’da çıkan bir gazete haberi bulur. Bu olayın muhtemelen 40 yıllık bir davayla bağlantısı vardır.

Hank Gulatarski Juah County, Utah’da, boş bir otobüs durağında beklemektedir. Otobüs geldiğinde biner. Otobüsteki sakat bir adam Hank’i dikkatle izlemektedir. Otobüs bilinmedik bir yerde birden durur ve herkes iner. Şaşıran Hank otobüsten indiğinde diğer yolcuların sakat adamı ölümüne taşladıklarını görür. Scully Doggett’ı sakat adamın cesedinin bulunduğu yerden, çöldeki olay yerinden arar. Scully Doggett’tan, sümüksü tabakadan bahseden X Dosyalarını taramasını ister. Doggett Scully kendisini dava dışında bıraktığı için sinirlenmiştir, ancak yine de isteğini yerine getirir. Scully arabasıyla perişan haldeki bir benzin istasyonuna girer. Görevli kendisine benzinlerinin kalmadığını söyler, ancak Scully doktor olduğundan bahsedince adam kendisine yedek bidondan biraz benzin verir. Yola çıktıktan kısa süre sonra Scully’nin arabası birden durur. Yürüyerek benzin istasyonuna döner. Görevli telefonu kullanması için kendisini otele yönlendirir. Mekanın sahibi Bay Milsap telefonun çalışmadığını, ancak bir oda kiralayabileceğini söyler. Bir tür dini ayin yaptıklarını gören Scully adamdan ve kasabadaki diğer insanlardan şüphelenir, ancak geceyi geçirmek için bir oda tutmaya razı olur. Sabah olunca Milsap, otelde kalan müşterilerinden biri olan Hank’in durumu hakkında tıbbi olarak ne düşündüğünü sorar. Nöbetler geçirmektedir ve sırtındaki yara kanamaktadır. Kim olduğunu ve oraya nasıl geldiğini hatırlamamaktadır. Bu da Scully’yi kasabadakilerin bir kültün parçası olduklarına ve o çevrede son zamanlarda görülen ölümlerden sorumlu olduklarına inandırır.

1990 yılının Eylül ayına dönülür. Bethune İlköğretim Okulu’nun düzenlediği karnavalda Lisa Underwood 7 yaşındaki oğlu Billy salıncakta sallanırken oturmuş bir arkadaşıyla sohbet etmektedir. Yeniden oğlunun olduğu tarafa baktığında çocuğun kaybolduğunu görür. Her tarafta Billy’yi ararken esmer bir çocuk elinde Billy’nin sırt çantasıyla uzaklaşır. On yıl sonra Lisa oğlu Josh’u almak için okula gider. Müdür onu salıncakların olduğu yere götürür. Oğlu Billy orada oturmaktadır ve hiç büyümemiştir. Scully ve Doggett, Billy’nin kontrollerinin yapıldığı hastaneye gelirler. Scully çocuğun sağlıklı olduğunu, ancak konuşmadığını söyler. Doggett davayı bir kaçırılma olayı olarak görür ve kendisini kimin kaçırdığını öğrenmek için Billy’yle konuşmaya çalışır. Lisa daha fazla iş birliği yapmaya yanaşmaz. Scully Billy’nin aynı çocuk olmadığına inanmaktadır. Ancak test sonuçları Billy’nin aynı çocuk olduğunu kanıtlar. Doggett esmer çocuğun, Ronnie Purnell’in peşine düşmek için Billy’nin kayboluşundan sonra açılmış olan asıl dava dosyasını kullanır. Onu sorgulamaya gittiğinde Ronnie bu işle hiçbir ilgisinin olmadığını söyler. Aynı gece Lisa, Billy’nin dönüşü konusunda eşi Doug ile tartışır. Ertesi sabah Josh’u kanlar içinde bulurlar, ancak çocuk yaralı değildir. Odasında daha önce hiç görmediği bir bıçak bulunur. Testler kanın Billy’ye ait olduğunu açığa çıkarır, ancak o da yaralı değildir. Ronnie’nin Underwood ailesinin evinin çevresinde görülmesi üzerine Scully ve Doggett onu sorgularlar. Ronnie, Billy’nin aslında orada olmadığına inandığını iddia eder. Bu da ajanların Ronnie’nin dava hakkında daha fazla şey bildiğine inanmalarına neden olur.

İki FBI ajanı Pittsburgh’deki dini bir tarikat olan Ibogan Tapınağı’nı araştırırken gizemli bir şekilde öldürüldüğünde dava bir X dosyası haline gelir. Scully bazı testler için hastaneye yattığı için davayı Doggett araştırmaktadır. Doggett olay mahaline giderek Müdür Yardımcısı Skinner’a katılır. Ajan Jim Leeds’i kapıları kilitli olan arabasında ölü olarak bulurlar. Gözetlediği evin içinde ise tarikatın 20 üyesinin cesedini bulurlar. Hepsi başlarına aldıkları bir balta darbesiyle ölmüştür. Tarikatın lideri Anthony Tipet ve Leeds’in ortağı Angus Steadman ortada yoktur. Doggett ve Md. Yrd. Skinner Steadman’ın dairesine giderler ve onunda diğer kurbanlarla aynı şekilde kafasına aldığı darbeyle öldüğünü görürler. Washington’a geri dönüp Başkan Yardımcısı Kersh’e bilgi verirler. Md. Yrd. Skinner, Tipet’in kullandığı ve bedeninden ayrılmasını sağlayan Iboga’daki bir tür halüsinojen maddenin suç mahallerindeki kanıtın azlığını açıklayabileceğini söyler. Pittsburgh’daki bir evsizin aynı şekilde başına aldığı darbe sonucu öldüğü haberi gelince yakınlardaki bir ödemeli telefondan yapılan son arama onları yerel bir uyuşturucu satıcısı olan Andre Bormanis’e yönlendirir. Adam, Tipet’in “ruhunun derinliklerine” ulaşmasını sağlayan uyuşturucuyu sağladığını kabul eder. Daha sonra Bomanis, göz altındayken başına aldığı darbeyle aynı şekilde ölünce Scully Yalnız Silahşörler’in Doggett’a yardımcı olmasını ister. Teorilerine göre uyuşturucu, Tipet’in kurbanlarının rüyalarına girmesini ve en kötü kabuslarını gerçekleştirmesini sağlamaktadır.

X Files’ın bodrum katındaki ofisinde Scully, Doggett’ı Duffy Haskell isimli bir adamla konuşurken bulur. Bu adam karısının sürekli kaçırıldığı iddiasıyla sekiz yıl önce Mulder’la bağlantıya geçmiştir. Ohio Ortak UFO Ağı’nın başkanı olan Haskell, eşinin kısa süre önce doğum yaparken öldüğünü anlatır. Üzerinde uygulanan testler yüzünden kısır kaldıktan sonra sahip olmaması gereken bir çocuğa hamile kalmıştır. Haskell bebeğin uzaylı olduğu için doktorlar tarafından alındığına inanmaktadır. Haskell gittikten sonra Doggett, Haskell’in eşi ile Scully’nin yaşadıkları arasındaki benzerliğe dikkat çeker. Scully Doggett’ı kişisel dosyalarından uzak durması için uyarır, ancak aynı zamanda duydukları konusunda da endişelenir. Haskell’in eşinin doğum yaptığı Germantown, Maryland’deki Zeus Genetics’e gider. Araştırma yaparken içinde biçimleri bozulmuş fetüslerin bulunduğu kavanozlarla dolu bir odaya girer. Bu durumdan ürken Scully kendi doktoru Parenti ile bağlantıya geçer. Kendi ultrasound’uyla Haskell’in eşininkini karşılaştırmasını ummaktadır. Doktor bu isteğe olumlu yanıt verir ve telefonu kapatır. Scully’nin gördüğü kavanozlarla dolu olan odadadır. X Files’ın bodrum katındaki ofisine döndüğünde Doggett, araştırmanın Parenti’nin Haskell’in danıştığı doktor olduğunu ortaya çıkardığını söyler. Scully daha sonra evindeyken Mary Hendershot gelir. Scully’yi Zeus Genetics’te görmüştür ve hem Scully’nin hem de kendi bebeğinin tehlikede olduğunu söyler. Müdür Yardımcısı Skinner Doggett’a Scully’nin X Files’tan geçici olarak ayrıldığını söyler, ancak nedenini söylemez.

Worcester, Massachusets’de Carlton Chase gece vakti yolda çılgın gibi koşmaktadır. Telefonu kullanmak için durur. Daha sonra yakınlardaki bir polis merkezine gider. Birisinin kendisini öldüreceğini iddia etmektedir. Polisin silahına doğru uzanır, ancak bir hücreye kapatılır. Kısa süre sonra kafası patlar. Sabah Scully ve Doggett hücreyi incelerler. Röntgenler Chase’in başından vurulduğunu göstermektedir. İnceleme sırasında hücredeki hava borusunda bir kurşun deliği olduğunu fark ederler. Bunu takip ettiklerinde iki kat üste ulaşırlar. Chase’in ofisine giderler ve duvarların kurşun delileriyle dolu olduğunu görürler. Masasının üzerinde AAA-1 Surekill İmha Merkezi’nden gelen birkaç fatura vardır. Tammi Peyton AAA-1 Surekill İmha Merkezi’ndeki işine gelir ve Chase’in mesajını dinler. Mesajı sildikten sonra gazetede ölüm haberini okur. Bu konuda patronu Dwight Cooper’ı sorgular, ancak patronu ona yanıt vermez. Dwight daha sonra kardeşi Randall ile yüzleşir. O da Chase kendilerinden bir şeyler çaldığı için harekete geçtiğini anlatır. O gece Dwight paralarını ve ellerindeki uyuşturucuları istediği iki uyuşturucu satıcısını şaşırtır. Onları işaret eder ve ikisi de ölürler. Binanın dışındaki Randall kendilerine ateş etmiştir. Scully ve Doggett Chase’in ölümüyle bağlantısı nedeniyle binadaki cinayetleri araştırırlar. Scully’nin teorisi duvarların arkasını gören biri tarafından öldürüldükleri yönündedir. Doggett bu teoriyi olayın bir başka uyuşturucu hesaplaşması olduğunu düşünerek ciddiye almaz. Ancak imhada kullanılan kimyevi maddelerin izlerini bulduklarında dikkatler AAA-1 Surekill İmha Merkezi’ni işleten iki kardeş üzerinde yoğunlaşır.

Nora Pearce eşi Ray’in ölümü nedeniyle yas tutarken Curt Delario tarafından teselli edilir. Hiçbir neden yokken birden sararmış ve ölmüştür. Nora ölümünün Körfez Savaşı sendromundan kaynaklandığına inanmaktadır. Curt arabayla uzaklaşırken birden yolun ortasında bir silüet belirir. Ancak araba bu kişiye vuracağına parçalanır. Scully ve Doggett kazanın olduğu yere gelirler. Yapılan otopsi Curt’ün ön camdan çekildiğinde öldüğünü ortaya çıkarır. Araçta bulunan kanıtlar ölen Ray Pearce’inkilerle uyuşmaktadır. Doggett Nora’yı ziyaret eder ve ona Ray’in yakılmasıyla ilgili sorular sorar. Ray’in aslında hayatta olup olmadığını ve bu cinayete karışıp karışmadığını merak etmektedir. Nora bunu kabul etmez. Ray’in çok hasta olduğunu ve kafasını bile kaldıramadığını söyler. Daha sonra, Güney Araç Mezarlığı’nda Ray’in patronu Harry Odell aceleyle kayıtları yok etmektedir. Ray ofise girer. Harry bir silahla ona ateş eder ve Ray ofisten dışarı çıkar. Harry Ray’in yaralı elinin kıpırdadığını görür. Küçük metal ipler çıkar ve yaralanan yeri onarmaya başlarlar. Aniden Ray onu arkasından yakalar. Doggett ikinci cinayet yerini araştırmaktadır ve Chamber Technologies’ten Dr. Clifton’a ait yarısı yırtılmış bir fatura bulur. Dr. Clifton artık bu şirket için çalışmamaktadır, ama iş arkadaşı Dr. Puvogel onun kendisini yenileyen akıllı bir tür metal üzerinde çalıştığını anlatır. Doggett bunu Scully’ye söylediğinde, Scully Ray’in hastalığının belirlenemeyen bir metal alaşımına maruz kalmasının bir sonucu olduğunu söyler. Scully’nin teorisine göre buna maruz kalması bir şekilde Ray’in kimyasını değiştirmiştir. Ancak Doggett’ın bu metal-adam teorisi konusunda şüpheleri vardır.

Ajan Doggett Squamash, Pennsylvania’ya gider. Ajan Mulder’ın kayboluşuyla bağlantısı olup olmadığını anlamak için üzerinde en son çalıştığı davayı takip etmektedir. Marie isimli bir kadın kız kardeşine bir süreliğine ortadan kaybolacağını söylemiştir. Mulder ormanda dolanan ve insanları yiyen yerel bir yaratık efsanesini araştırmaktadır. Şerif Doggett’ı fazla ciddiye almaz ve Mulder’ın araştırmasının yanlış bir ihbar olduğundan bahseder. Doggett karaciğerinden rahatsız olan Marie ve hiçbir şey olmadığını söyleyen eşi ile konuşur. Ancak Doggett duvarda üzeri kapatılmış olan üç kurşun deliği olduğunu fark eder. Washington’a döndüğünde Mulder’ın dairesinde içinde uç kurşunun eksik olduğu gizlenmiş bir silah bulur. Silahın üzerinde kan olduğuna dair kanıt bulununca Müdür Yardımcısı Skinner’a danışır. Doggett, Mulder’ın birine ateş ettiği için mi ortadan kaybolduğunu merak etmektedir. Scully davadan ayrıldığı için ona güvenememektedir. Doggett daha fazla araştırma yapmak için Md. Yrd. Skinner ile Squamash’a döner. Ancak şerif araştırmayı saptırmaya çalışır. Marie’yle Mulder’ın ortadan kayboluşu hakkında görüşmek istediklerinde ise müsait değildir. Eşi de pek yardımcı olmamaktadır. Bu da Doggett’ın kasabanın yerel halkının bir şeyler sakladığına inanmasına neden olur. Md. Yrd. Skinner evin içinde kanla çizilmiş bir sembol bulur ve Yalnız Silahşörler’in yardımına başvurur. Onlar da sembolün Amerikan yerlilerinin tıp çarkı olduğunu söylerler. Hastalığı iyileştirmesi için bir ruh yiyicisini çağırmak için kullanılmaktadır. Doggett Mulder’ın kendi hastalığı için bir ilaç bulmaya çalışıp çalışmadığını merak eder.

Hugh Potocki, Hindistan’daki Mumbai havaalanında Amerika’ya dönen uçağına binmeden önce tuvalete gider. Arabadaki bacağı olmayan dilenciyi fark etmez. Biraz sonra Potocki’ye biri saldırır ve onu kapının altından çeker. Ertesi gün Scully ve Doggett Potocki’nin kan içerisindeki cesedinin bulunduğu Washington’daki bir otel odasına çağırılırlar. Yatağın kenarındaki küçük bir el izi dikkatlerini çeker. Otopsi sonucunda Potocki’nin karnındaki dokular zarar gördüğü için öldüğü ortaya çıkar. Rektumuna bir şey girmiştir ya da bir şey rektumundan çıkmıştır. Doggett uyuşturucu kaçakçılığı olduğunu düşünür, ancak böyle bir neden olmadığı anlaşılır. Testler aynı zamanda Potocki’nin uçağı kalkmadan önce öldüğünü göstermektedir. Scully, bunun bir yerden bir yere gitmek için kurbanlarının bedenlerini kullanan canlı bir varlık olduğu teorisini ortaya atar, ancak Doggett bunu ciddiye almaz. Çok geçmeden başka bir kurbanla ilgili bir telefon alırlar. Genç bir çocuk olan Quinton babasının cesedini bulmuştur ve evin içinde bacağı olmayan bir adam gördüğünü iddia etmektedir. Otopsiyi Scully yapar. Adamın bedenini keserken küçük bir el dışarı çıkar. Scully silahını doğrultana kadar bedenin içerisindeki şey ortadan kaybolur. Daha önce Mulder ve Scully’ye yardım etmiş olan Chuck Burks’e danışırlar. O da bunun Siddhilerde yer alan ve gerçeği bulandırma yeteneğine sahip bir Hintli kutsal adam olabileceği teorisini ortaya atar. Scully, Mumbai’nin hemen dışında yer alan bir Amerikan kimya fabrikasında meydana gelen ve içlerinde kutsal bir adamın çocuğunun da bulunduğu birkaç çocuğun ölümüne neden olan kazayı ortaya çıkarınca bu teori inanılır hale gelir. Scully, güçleri babadan oğula geçen kutsal Siddhinin intikam peşinde olduğuna inanır.

Boston metrosundaki Transit Polisi Philbrick muhtemelen hırsız olan birini gördükten sonra telsizle bunu bildirir. Adamın arkasından trene biner. Birkaç dakika sonra Philbrick ve şüpheli boğuşurken trene verilen enerji kesilir ve tren durur. Bir sonraki istasyonda trene binen yolcular bedeninin üzerinde asit yanığına benzer izler bulunan Philbrick’i bulurlar. Ajan Scully Hastalık Kontrol Merkezi tarafından konuyu araştırması için çağırılır. Scully ve Doggett durumu yerel geçiş süpervizörü Şef Yardımcısı Karras ile tartışırlar. Metro sisteminin büyük bir bölümünün kapanmış olmasından dolayı mutlu değildir, ancak Scully Philbrick’in ölüm nedeni belirlenmeden buranın yeniden açılmasına izin vermek konusunda isteksizdir. Teğmen Bianco bunun hırsızın Philbrick’in üzerine attığı asit sonucu olduğuna inanmaktadır, ancak Scully ikna olmamıştır. Doggett, Bianco, tünelin yapımında bulunan Melnick ve Hastalık Kontrol Merkezi’nden doktor Hellura Lyle tünellerde ilerlerken Scully de araştırmayı koordine etmektedir. İletişimi Doggett’ın üzerinde bulunan küçük bir kamera ve telsizle sağlamaktadırlar. Metroda araştırma yaparken Melnick birden bağırır. Ensesini bir şey yakmıştır. Dr. Lyle sıvıyı test edince bunun sadece deniz suyu olduğu anlaşılır. Bir şeyin hareket ettiğini gördüklerinde tünelde başka birinin olduğunu fark ederler. Doggett yandaki tünellerden birine girer, ancak kendisine biri saldırır ve onu yere düşürür. Kendisine saldıran kişi Philbrick’in gördüğü hırsızdır. Bedeninde asitten kaynaklanan yaralar belirmeye başlar. Yakınlarda aynı yanıklara sahip üç işçinin bedenlerinin plastikle sarılmış olarak bulunması Scully’nin Transit yetkililerinden birinin sorunu örtbas etmeye çalışmasından şüphelenmesine neden olur. Ancak acaba buna neden olan şey nedir?

Richie Szalay Helena, Montana’da gökyüzünde gördüğü beyaz bir ışığın peşinden arabasıyla gitmektedir. Ağaçların üzerinde uçmakta olan UFO’yu gördüğünde birden durur. “Bu olmuyor”, diye bağırır. UFO ortadan kaybolur. Yerde bir kadın vardır. Scully X Files’ın bodrum katındaki ofisine çağrılır, ancak Doggett kendisine olan biteni söylemek istemez. Müdür Yardımcısı Skinner’ın ofisine giderler. Mulder’dan hemen önce Oregon’da kaçırılmış olan Teresan Hoese’nin Montana’da ölmek üzereyken bulunduğunu anlatır. Helena’ya gidip Teresa’nın bakımıyla ilgilenen Dr. Desai ile buluşurlar. Doktor onlara, Teresa’nın üzerinde deneyler yapıldığına dair izler olduğunu söyler. O akşam Jeremiah Smith hastaneye gelir. Dr. Desai’nin şeklini alır ve Teresa’nın transfer edilmesini ister. Bu arada Doggett ajan Monica Reyes’i tanıştırır. Reyes dava hakkında bilgi almıştır ve elinde bazı ipuçları vardır. Teresa’nın yaraları bazı tarikatlardaki kötü muamele davalarında bulunanlarla aynıdır. Reyes işin içinde, Mulder’ın da bulaştığı, bir tür kaçırma grubunun olduğuna inanmaktadır. Daha sonra Reyes, otobanda araba kullanırken gökyüzünde beyaz bir ışığın varlığına tanık olur. Bunu takip edince Jeremiah Smith ve Absalom’un bir cesedi bir kamyonete yüklediklerini görür. Reyes onları durduramadan kaçarlar. Ancak yerde yatan ikinci biri olduğunu fark eder. Bu Oregon’dan kaçırılan ve Richie’nin arkadaşı olan Gary Cory’dir. Reyes adamı teşhis eder. Onu bir çiftliğe kadar izlerler. Burada Teresa’yı tamamen iyileşmiş olarak bulurlar. Scully Mulder’ın nerede olduğunu öğrenmek ister. Kısa süre sonra Mulder, bir tarlada ölü olarak bulunur.

Mulder’ın cenazesinden üç ay sonra Doggett Müdür Kersh’ün ofisine çağrılır ve kendisine X Files’tan alınacağı söylenir. Doggett, Mulder’ın kayboluşuyla ilgili pek çok soru yanıtsız kaldığı için buna pek istekli değildir. Bu arada bir balıkçı teknesi Wilmington, Kuzey Carolina’da kötü şekilde yaralanmış bir cesedi suda yüzerken bulur. Daha sonra yerel adli tıp görevlisi cesedi incelerken dudakların hareket ettiğini görür. Doggett bunun aylardır öldüğü düşünülen ancak hayatta olan Billy Miles olduğunu öğrendiğinde Md. Yrd. Skinner’dan Scully’ye bir şey söylememesini ister ve Mulder’ın cesedini mezardan çıkarttırır. Scully Bethesda Deniz Hastanesi’ne koşar ve Mulder’ı görmek ister. Skinner ona Mulder’ın hayatta olduğunu, ancak durumunun kritik olduğunu söyler. Scully’nin fazla ümitlenmesini istememektedir. Doggett yeniden Müdür Kersh’ün ofisine çağrılır ve davanın peşini bırakması emredilir. Kısa süre sonra Md. Yrd. Skinner koridorda bayılır. Kendisine geldiğinde Krycek’in kendisini beklediğini görür. Skinner’a Mulder’ın hayatını kurtarabilecek olan Bill Mulder’ın aşısının birazını önerir. Ancak bunun bir bedeli vardır. Scully’nin doğum yapmadığından emin olmalıdır. Skinner bu teklifi reddeder ve Krycek aşıyı da alarak gider. Doggett Skinner’ı Mulder’ın yaşam destek ünitesini kapatırken bulur ve onu durdurmaya çalışır. Skinner Doggett’a Krycek’i ve aşıyı anlatır. Doggett Krycek’i durdurmak için park yerine koşar, ancak Krycek Doggett almadan önce şişeyi kırar. Yeniden yukarı çıkar ve Scully kendisine Mulder’ın ameliyathanede olduğunu söyler. Yaşam destek ünitesinin kapatılması virüsün çoğalmasını engellemiştir ve anti-virüslerin Mulder’ı kurtarması gerekmektedir.

Doggett Mulder’ın, artık aktif olarak X-Files’ı araştırmasa da, dosya dolaplarını karıştırdığını görür. Mulder Meksika Körfezi’ndeki Galpex Petrol Orpheus petrol platformunda çalışan işçilerden biri olan Simon De La Cruz’un ölümünün dünya dışı kaynaklı bir tür radyasyona maruz kalması sonucu olduğuna inanmaktadır. Doggett Scully tarafından Galpex Petrol’den Mulder’ın çağırdığı bir yetkiliyle tanışmak için Müdür Yardımcısı Kersh’ün ofisine çağrılır. Doggett araştırma yapmak için petrol platformuna gönderilir. Gittiğinde Mulder’ı orada bulunca sinirlenir. Bu arada Washington’da Scully, Simon’un cesedine otopsi yapmaktadır ve ona kara yağ bulaştığıyla, ancak Simon’un buna karşı bağışıklık gösterdiğiyle ilgili kanıtlar bulur. Scully petrol platformundaki Doggett ile bağlantı kurmaya çalışır ve telefona Mulder yanıt verdiğinde şaşırır. Doggett petrol platformunun karantinaya alınmasını emreder. Doggett çalışanların neyi koruduğunu bilmek istemektedir. Mulder kara yağı gördüğünü kabul eder ve Galpex yetkilisinin FBI’a yalan söylediğini düşündüğünü söyler. Washington’da Scully, Müdür Yardımcısı Skinner’a Simon’un Meksikalı-Kızılderili geçmişinin uzaylı virüsüne karşı olan bağışıklığıyla ilgili olabileceğine inandığını söyler. Doggett Garza’nın petrol platformundan çıkmasına yardım etmeye çalışırken çalışanlardan biri tarafından saldırıya uğrar. Mulder’ın çabuk müdahalesi sayesinde uzaylı virüsü kendisine bulaşmaz. Diğer çalışanlar petrol platformunu yok etmeye başladıklarında Mulder ve Doggett beklemekte olan helikopterlere binerler. Daha sonra Mulder Doggett’a FBI’dan kovulduğunu, Doggett ve X Files için bu işi üstlendiğini haber verir.

New Orleans’ta Jeb Dukes Gary Garber tarafından ofisine çağrılır ve kendisine kovulduğu söylenir. Garber özür diler. Gittiği için üzgündür. Jeb ofisin dışına çıktığında bir polis kovalamacası kazayla son bulur. Jeb orada dururken enkazdan ateş içinde bir adam çıkar ve bedenine girer. Aynı akşam Jeb ofise döner. Patronunun yanına gider ve ateş ederek onu öldürür. Yerel Dedektif Franklin Potter FBI’dan yardım ister ve davayı araştırmak için Monica Reyes gönderilir. O da başlangıçta davayı satanistlere dayandırır. Ancak Garber’ın cesedinin küllerden oluştuğunu görür. Reyes davada kendisine yardım etmesi için Mulder’ı çağırır. Benzer bir olayı Doggett’ın oğlunun davasını araştırırken de yaşadığını söyler. Çocuğun cesedini bulduklarında hem kendisi hem de Doggett cesedi bir an küllerden oluşmuş olarak görmüşlerdir, ancak Doggett daha sonra bunu hayal gücü diyerek ciddiye almamıştır. Doggett Mulder’ın araştırmasını duyunca onu koridorda yakalar ve hayatından uzak durmasını söyleyerek ona bağırır. Mulder, Reyes’e yardımcı olmak için çağrıldığını söyleyerek Doggett’ı sakinleştirmeye çalışır. Reyes yanlarına gelir ve Doggett’a araştırdıkları dava ile oğlunun davasının bağlantılı olduğuna inandığını söyler. Doggett onu bu işin peşini bırakması konusunda uyarır. Doggett hastanedeki Scully’yi ziyaret eder ve ona neden artık X Files’taki paranormal olaylara inandığını sorar. Scully de ona daha önceleri inanmaktan korktuğunu söyler. X Files’ın bodrum katındaki ofisinde Mulder, Reyes’e aynı görüntülerin göründüğü davalar ile bu dava arasında bir bağlantı bulamadığını söyler. Ancak Reyes bir bağlantı olduğu konusunda ısrarcıdır. Belki de hepsini bağlayan bir tür kötülük vardır. Mulder eğer inanmak istemiyorsa Doggett’ı yalnız bırakması konusunda onu uyarır.

Gizli servis ajanları Beyaz Saray’a girmeye çalışan bir federal sayım görevlisi olan Howard Salt’u pusuya düşürürler. “Uzaylılar Birleşik Devletler’i ele geçiriyor!”, diye bağırır ve kendisine ateş eder. Elinde üzerinde “Fight The Future” (Gelecekle Savaş) yazan bir CD vardır. Müdür Kersh Mulder’ın X Files’a yeniden atanmasıyla ilgili olarak Müdür Yardımcısı Skinner’ı ve Doggett’i ofisine çağırır. Bunu engellemeyi amaçlamaktadır. Doggett, Kersh kendisini X Files’ı tamamen kapatmakla tehdit edene kadar tartışmayı sürdürür. Haberi hepsinin daha büyük bir komploda piyon haline geldiklerini düşünen Mulder’a Skinner ve Scully verir. İşe dönmeyi her zamankinden daha fazla istemektedir. Salt’ın ölüm haberi West Virginia’da hapiste olan Absalom’a ulaşır ve Absalom hemen hapisten kaçar. Doggett’ı kaçırmak için evine gider. Md. Yrd. Skinner, Absalom’un yeniden yakalanması için görevlendirilmiş olan ajanlara bilgi verir ve uzaylı istilası iddialarını ciddiye almaları konusunda onları uyarır. Bu arada Mulder Salt’ın Absalom ile olan bağlantısını bulmuştur. Her ikisi de aynı UFO tarikatına üyedirler ve Salt sürekli kaçırılan birisidir. Mulder onun bildikleri yüzünden öldürüldüğünden emindir. Mulder ve Scully gizlice FBI’ın kanıt odasına girerler. Salt’ın diz üstü bilgisayarının harddisk’ini çıkarırlar ve bunu Yalnız Silahşörler’e götürdüklerinde Federal İstatistik Merkezi’nin dosyaları ortaya çıkar. Doggett’ı rehin olarak tutan Absalom, uzaylıların zaten aramızda olduklarını gösteren kanıtlar bulmak amacıyla Federal İstatistik Merkezi’ne girmeye çalışır. Ancak güvenlik görevlileri etrafını sararlar ve ateş ederek Absalom’u öldürürler. Doggett Skinner’a olaylar hakkında bilgi verirken Mulder içeriye girer ve ona saldırır. Onu da komplonun bir parçası olmakla suçlamaktadır. Scully, Mulder için endişelenmektedir.

Gary Sacks Ellicot, New York’taki hasta babası Arlen’e bakmaktadır. Yemeği hazırlarken kalp atışlarını gösteren monitörünün düz çizgi haline geldiğini duyar. Babasının odasına geldiğinde yatağın boş olduğunu görür. Bir tıslama sesi duyar ve üzerine bir tür sıvı zehir fışkırır. Scully hamilelik izninde olduğu için Doggett’a geçici olarak bir ortak ayarlanır. Leyla Harrison Mulder ve Scully’nin yaptıkları işlere hayrandır ve gerçek bir X Dosyası’nı araştırdığı için çok heyecanlıdır. Ancak coşkusu baskın gelir ve Doggett’la araştırma yöntemleri konusunda anlaşmazlığa düşer. Olay yerinde kanıt olarak çamur bulduklarında hemen paranormal bir açıklama getirmeye çalışır. Doggett Sack’in evinin yanındaki terk edilmiş bir malikaneyi kontrol eder. Dışarıdan silah sesleri geldiğini duyar. Dışarı çıktığında Harrison’un ortadan kaybolduğunu görür. Onu ararken yerde bulunan bir kapağa basar ve yer altındaki bir odaya düşer. Müdür Yardımcısı Skinner bir grup ajanı Doggett’ı aramak için görevlendirir. Scully Doggett’ın kayıp olduğunu duyduğunda yardım etmek için işe geri döner. Arlen Sack’ın otopsisini yapar ve sıvı zehrin bir sürüngene ait olduğunu keşfeder. Mulder Scully’nin bu durumdayken çalışması konusunda endişelidir ve kendi araştırmasını yapmaya başlar. Mulder olay yerine gelerek ormanda araştırma yapar. Malikaneyi görür, ancak buranın sahibi Herman Stites sürüngenle ilgili bir şey bildiğini reddeder. Scully Mulder’ı, federal bir araştırmaya burnunu soktuğu için Skinner’ın sinirli olduğu konusunda uyarmak için arar. Mulder Scully’ye aradıklarının bir sürüngen değil, bir adam olduğunu ve Stites’ten şüphelendiğini söyler. Ve bunun iyi bir nedeni vardır, çünkü Scully Stites’in yeni bir tür sürüngen yaratmak üzerinde çalıştığını keşfeder.

Scully çocuğunun doğumuna hazırlanırken Bayan Scully ona yardımcı olması için bir hemşire tutar. Ancak görünüşe göre Lizzy Gill’in başka bir amacı vardır. Buna Scully’nin haplarını değiştirerek başlar. Mulder Doggett’ın dairesine gider. Artık bir FBI ajanı olmamasına rağmen Zeus Genetics’te çıkan yangınla ilgilenmektedir. Birisinin orada yapılan işleri örtbas etmeye çalıştığına inanmaktadır. Doggett’ın olay yerine yolladığı Ajan Crane Dr. Lev’in kayıp olduğunu saptar. Mulder ve Doggett ortağını, Scully’nin kadın doğum uzmanı olan Dr. Parenti’yi ziyaret ederler. Parenti ofisinde normal olmayan fetüs örneklerini incelemektedir. Mulder onu uzaylı embriyolarıyla deney yapmakla suçlar. Lizzy Gill Scully’nin dairesinden çıktığında kendisini daha önce kaçırılan kadınların içine uzaylı fetüsleri yerleştirilmesi etrafında dönen komplolar konusunda Mulder ve Scully ile bağlantı kurmuş olan Duffy Haskell alır. Mulder ve Doggett Dr. Parenti’nin ofisine döndüklerinde onu ölü olarak bulurlar. Mulder’a saldıran Billy Miles Doggett tarafından vurulur, ancak bunun bir etkisi olmaz. Daha sonra Mulder, Billy’nin kaçırılmasının bir sonucu olarak bir uzaylının yerine geçtiğini açıklar. Scully’nin Mulder’a uyguladığı tedavi onu da aynı sondan kurtarmıştır. Mulder, Scully ve doğmamış bebeği için endişelenmektedir ve onu dairesinden ayrılması konusunda ikna eder. Apartmanda elektrikler sönünce Mulder Scully’yi aceleyle arabaya götürür. Ancak etrafları sarılmıştır ve arabayla oradan çıkamazlar. Billy Miles kendilerine yaklaşırken Alex Krycek’in kullandığı bir araba kendisine çarpar. Doggett, kendisi, Mulder, Müdür Yardımcısı Skinner ve Krycek’in uzaylıların Scully’nin bebeğiyle neden bu kadar ilgilendiğini anlayabilmeleri için Scully’yi Washington’dan uzaklaştırması için Ajan Reyes’i ayarlar.

Patalog Billy Miles’ın otopsisi için çağrılır. Ancak saatin geç olmasından hoşnut değildir ve otopsiyi ertesi sabah bitirmeye karar verir. Oradan ayrıldıktan sonra iç organlarda yaptığı inceleme sırasında bulduğu metalik omurga kendisini yenilemeye başlar. Ertesi sabah, Mulder güvenlik kamerasının çektiği bir fotoğrafı elinde tutmaktadır. Fotoğraf, Billy Miles’ın sağlıklı bir şekilde morgdan ayrıldığını göstermektedir. Krycek ona, Müdür Yardımcısı Skinner’a ve Doggett’a Billy Miles’ın yeni bir tür uzaylı olduğunu, dünyada nüfuslarını arttırmak için yaratıldığını, onun ve onun gibilerin Scully’yi aradığını açıklar. Doggett Knowle Rohrer’in kendisini görmeye geldiğini söyleyen Ajan Crane tarafından çağrılır. Rohrer Doggett’a Billy Miles’ın bir prototip olduğunu, süper asker yaratmak için oluşturulan hükümet programının bir parçası olduğunu ve Scully’nin de bu tür bir prototipi taşıdığını anlatır. Nerede olduğunu öğrenmek ister, ancak Doggett bunu bilmiyormuş gibi davranır. Billy Miles FBI binasına girdiğinde Krycek onu görür ve asansöre koşar. Md. Yrd. Skinner hemen onları takip eder, ancak Billy Miles’ın metal kapılardan geçen kolu kendisini durdurur. O hastanede kendine gelirken Doggett Mulder’a Rohrer’in kendisine söylediklerini anlatır, ancak Mulder bundan şüphelenir. Sonradan o ve Doggett, FBI’ın yer altındaki otoparkında Rohrer’in arabasında Krycek ile konuştuğunu görürler. Doggett Ajan Crane ve Müdür Yardımcısı Kersh ile buluşan Rohrer’i takip ederken Krycek Mulder’ı şaşırtır ve tam ona ateş edecekken Md. Yrd. Skinner Krycek’ten intikam almak için ortaya çıkar. Daha sonra Mulder, Scully’nin dairesine gelir ve Yalnız Silahşörler’i Scully’nin bebeğine hediyeler verirken bulur. Scully Mulder’a, bebeğe Mulder’ın babasının ardından William adını koymaya karar verdiğini söyler. Kucaklaşırlar.

KAYNAK : <X Files WeAreHere.Net>
Çeviri : Berivan Tokem (spooky)